Quantitative real-time PCR (q-PCR) for sputum smear diagnosis of pulmonary tuberculosis among people with HIV/AIDS

Rev Inst Med Trop Sao Paulo. 2014 Mar-Apr;56(2):139-42. doi: 10.1590/S0036-46652014000200009.

Abstract

Objective: To assess quantitative real-time polymerase chain reaction (q-PCR) for the sputum smear diagnosis of pulmonary tuberculosis (PTB) in patients living with HIV/AIDS with a clinical suspicion of PTB.

Method: This is a prospective study to assess the accuracy of a diagnostic test, conducted on 140 sputum specimens from 140 patients living with HIV/AIDS with a clinical suspicion of PTB, attended at two referral hospitals for people living with HIV/AIDS in the city of Recife, Pernambuco, Brazil. A Löwenstein-Jensen medium culture and 7H9 broth were used as gold standard.

Results: Of the 140 sputum samples, 47 (33.6%) were positive with the gold standard. q-PCR was positive in 42 (30%) of the 140 patients. Only one (0.71%) did not correspond to the culture. The sensitivity, specificity and accuracy of the q-PCR were 87.2%, 98.9% and 95% respectively. In 39 (93%) of the 42 q-PCR positive cases, the CT (threshold cycle) was equal to or less than 37.

Conclusion: q-PCR performed on sputum smears from patients living with HIV/AIDS demonstrated satisfactory sensitivity, specificity and accuracy, and may therefore be recommended as a method for diagnosing PTB.

Objetivo: Evaluar la Reacción en Cadena de Polimerasa en tiempo real cuantitativa (qPCR) para el diagnóstico de tuberculosis pulmonar (TBP) en esputo de pacientes con sida y sospecha clínica de TBP.

Método: Se trata de un estudio prospectivo para evaluación de precisión de prueba diagnóstica, realizado en 140 muestras de esputo provenientes de 140 pacientes con sida y sospecha clínica de TBP atendidos en dos hospitales de referencia para atención VIH/sida en Recife-PE, Brasil. Se utilizó el cultivo en medios Löwenstein-Jensen y 7H9 como estándar de oro.

Resultados: De las 140 muestras de esputo, 47 (33,6%) fueron positivas por el estándar de oro. La qPCR fue positiva en 42 (30%) de los pacientes. En apenas un (0.71%) caso no correspondió con el cultivo. La sensibilidad, especificidad y precisión de la qPCR fueron 87,2%, 98,9% y 95% respectivamente. De las 42 qPCR positivas en 39 (93%) el CT (threshold cycle) fue igual o inferior a 37.

Conclusión: La qPCR realizada en muestra de esputo de pacientes con sida demostró sensibilidad, especificidad y precisión satisfactoria, pudiendo ser recomendada como método de diagnóstico de TBP.

Publication types

  • Evaluation Study

MeSH terms

  • AIDS-Related Opportunistic Infections / diagnosis*
  • Adult
  • DNA, Bacterial / analysis*
  • Female
  • Humans
  • Male
  • Middle Aged
  • Mycobacterium tuberculosis / genetics*
  • Mycobacterium tuberculosis / isolation & purification
  • Predictive Value of Tests
  • Prospective Studies
  • Real-Time Polymerase Chain Reaction*
  • Sensitivity and Specificity
  • Sputum / microbiology*
  • Tuberculosis, Pulmonary / diagnosis*
  • Young Adult

Substances

  • DNA, Bacterial